Au départ, fin des années 50, un groupe d'amis se réunit sur la plage de Ménasina pour discuter de physique. Puis en 1960, l'achat d'une villa, permettra d'héberger quelques personnes mais aussi servira de salle de réunion, les cours ayant lieu sur la plage.

De 1970 à 1974, les premiers bâtiments furent construits grâce à des subventions de l'Etat. Ces bâtiments abritaient et abritent toujours, l'aile administrative, un amphithéatre, une cuisine collective et une dizaine de chambres

Avant l’implication du CNRS en 1990, l’Institut était géré par une association présidée par Maurice Levy de 1960 à 1994 et sous la direction scientifique de la physicienne Nicole Polonsky-Ostrovski, de 1984 à 1993, et du physicien André Neuveu, durant l'année 1994 . Créée en 1995, l'Unité Mixte de Services est dirigée depuis 2018 par Fabrice Mortessagne, physicien, Professeur à l'Université de Nice Sophia Antipolis, après avoir été placée sous la responsabilité de deux directrices de recherches du CNRS : de 1995 à 2008, Elisabeth Dubois-Violette, physicienne, et de 2008 à 2017 Giovanna Chimini, biologiste et médecin.